Священномученик Иоанн родился 8 октября 1868 года в селе Кладбищи Сергачского уезда Нижегородской губернии, в семье местного священника протоиерея Николая Никольского. В 1891 году, по окончании курса в Нижегородской семинарии Иоанн вернулся в родительский дом. 24 августа 1892 года, будучи уже женатым, он был посвящен в сан священника и определен настоятелем Казанской церкви села Крутца Нижегородского уезда.
В 1897 году молодой священник и законоучитель Иоанн Никольский, наряду с другими священнослужителями, был награжден серебряной медалью в память о царствовании Государя Александра III. В 1903 году отец Иоанн был перемещен на новый приход в село Терюшево, а спустя два года он стал настоятелем храма при Молитовской фабрике.
Домовая церковь во имя святого преподобного Сергия Радонежского при льнопрядильной мануфактуре в рабочем поселке Молитовка была освящена в 1905 году при епископе Назарии (Кириллове). Этот небольшой храм размещался в фабричном двухэтажном каменном корпусе, где находилась больница и общежитие для рабочих. Рядом с храмом стояла небольшая деревянная колокольня.
За годы пастырского служения отец Иоанн был награжден церковными наградами: в 1901 году — набедренником, в 1906 году — скуфьей, в 1916 году — камилавкой.
После 1918 года, когда среди рабочих повсеместно стали распространяться антирелигиозные убеждения, новые хозяева фабрики в лице фабричного комитета стали добиваться от властей официального закрытия церкви и переноса ее в другое место «ввиду того, что церковь находится в одном здании, где располагаются квартиры рабочих».
В марте 1919 года, во время Великого поста, было созвано общее собрание рабочих, куда также пригласили отца Иоанна и старосту церкви. На собрании несмотря на выступление в защиту церкви отца Иоанна было вынесено решение храм ликвидировать, а все его имущество перенести в кладбищенскую церковь поселка Канавино. Но другая часть прихожан, из числа местных жителей, сумела отстоять Сергиевский храм, и служение в нем отца Иоанна несмотря на различного рода притеснения и запреты продолжилось.
Спустя два года, в июне 1921-го, Губернский исполком сообщил в комитет льнопрядильной фабрики, что постановлением Комитета юстиции церковь при больнице закрывается. Вследствие этого решения властей 20 августа 1921 года отец Иоанн епископом Евдокимом (Мещерским) был переведен в соседний приход, на должность второго священника Спасо-Преображенской церкви села Карповка.
В феврале 1933 года отец Иоанн был арестован сотрудниками ОГПУ за антисоветскую агитацию. Просидев три с половиной месяца в Горьковской тюрьме, он был оправдан Краевым судом.
6 августа 1937 года сотрудники НКВД вновь арестовали священника и заключили в тюрьму по обвинению в участии в церковно-фашистской подпольной организации. Отец Иоанн находился под следствием одновременно со своим братом священномучеником Александром Никольским. На допросах он виновным себя ни в чем не признал, утверждая, что не причастен ни к какой контрреволюционной организации и с другими фигурантами дела имел сугубо церковные или родственные связи.
Священник Иоанн Никольский был расстрелян 4 октября 1937 года и погребен в общей безвестной могиле на расстрельном полигоне Горьковского НКВД. Он принял мученическую кончину в один день со своим младшим братом священномучеником протоиереем Александром Никольским.
Цитируется по книге «Жития святых, новомучеников и исповедников Земли Нижегородской». — Нижний Новгород, 2015. Авторы-составители: архимандрит Тихон (Затёкин), игумен Дамаскин (Орловский), О.В. Дёгтева