В 1882 году по окончании Нижегородской духовной семинарии рукоположен во священника в село Мигино Васильского уезда (ныне Сергачский район Нижегородской области). Овдовел.
В 1889 году поступил в Санкт-Петербургскую Духовную Академию.
7 октября 1892 года, во время обучения на третьем курсе, ректором академии архимандритом Антонием (Вадковским) был пострижен в монашество.
В 1893 году окончил Санкт-Петербургскую духовную академию со степенью кандидата богословия с правом соискания степени магистра богословия без нового устного испытания и был назначен помощником инспектора смотрителя Заиконоспасского духовного училища в Москве, где пробыл до 1896 года.
В 1896 году назначен инспектором Кутаисской духовной семинарии.
В 1897 году перемещён на должность ректора той же семинарии с возведением в сан архимандрита.
Как отмечается в Православной богословской энциклопедии: «Произнёс при своем наречении речь, замечательную в том отношении, что это чуть ли не единственный случай из нового времени, когда при таком случае архиерей с выразительною благодарностью вспомнил родную Академию и ее профессоров — своих учителей».
21 апреля 1902 года в Сионском соборе Тифлиса хиротонисан во епископа Горийского, первого викария Грузинской епархии. Наречение и хиротонию совершали: Экзарх Грузии, архиепископ Алексий (Опоцкий) с преосвященными: Владикавказским Владимиром (Сеньковским), Гурийско-Мингрельским Александром (Окропиридзе), Сухумским Арсением (Изотовым) и Имеретинским Леонидом (Окропиридзе).
6 мая 1903 года награждён орденом святого Владимира III степени.
В ноябре 1903 года назначен и утверждён в должности председателя окружного училищного совета Грузинского Экзархата.
Скончался 16 февраля 1905 года. Погребён в левом приделе Сионского собора.

Литература:
Нижегородская Духовная семинария: вехи истории — Н. Новгород: Издат. отдел Нижегородской епархии при Вознесенском Печерском мужском мон-ре, 2010. — 432 с.: фот.цв., портр., факс. — Библиогр. в конце ст. — 2000 экз.

Примечание: В Интернете широко распространена информация, что епископ Вениамин (Барнуков) в бытность священником служил в селе Мишно Васильсурского уезда. Однако по архивным данным, в Васильском уезде никогда не существовало населенного пункта с таким названием. При составлении жизнеописания Вениамина (Барнукова) в работе с архивными документами произошло ошибочное прочтение название села Мигино как Мишно. К сожалению, ошибка не была исправлена вовремя.